Обыск, досмотр, обследование, осмотр - изъятие, выемка, выдача

Согласно ст. 177 УПК необходимо получить согласие ПРОЖИВАЮЩИХ в ЖИЛИЩЕ лиц. Если хоть одно из них возражает, то в суд.
Но при этом законодательство не содержит ответа на вопрос, нужно ли получать согласие у временно отсутствующих проживающих лиц при наличии согласия у присутствующих. Например, выехавших на отдых или в командировку.

На мой взгляд, если нет письменного согласия ВСЕХ проживающих лиц, то осмотр должен производится только с получением разрешения разрешения или одобрения суда.

Владелец квартиры не обязательно является проживающим там лицом. В то же время, проживающие даже без законных оснований в помещении лица , удовлетворяют уголовно-правовому статусу проживающих лиц.
См. ст. 139 УК и п. 10 ст. 5 УПК.

Установление фактического проживания может быть произведено путем опроса, принятия заявлений от участников следственных действий.

Конечно, если вы вопрос о нарушенных правах вашей сожительницы начнете шевелить только через несколько лет после событий, от вас будут отмахиваться. Допустим, непосредственно во время или после осмотра вы не имели возможности эффективно заявить о нарушенных правах или не понимали своих прав. Но позже, в частности, при рассмотрении уголовного дела в суде первой инстанции, вы, будучи обеспеченным юридической помощью, всё-таки не должны были пассивно относится к восстановлению нарушенных прав.

На данный момент я бы посоветовал двигаться через ВУД (ст. 139 УК). В ходе доследственной проверки следователь должен будет, в частности, выяснить, кто был там проживающими лицами.